Antes de modificar el grub debes saber en qué lugar se encuentra la opción que quieres por defecto, por ejemplo la opción 2 (comienza a contar desde cero, entonces la tercera opción es la número dos). Luego respalda tu grub desde la consola:

$ sudo cp -p /boot/grub/menu.lst /boot/grub/menu-2008-06-21.lst

Para modificar el menú del grub desde la consola, debes digitar lo siguiente:

$ sudo gedit /boot/grub/menu.lst

Busca las siguientes líneas:

# array will desync and will not let you boot your system.
default        0

Entonces cambia el número cero por tu opción, siguiendo con nuestro ejemplo:

# array will desync and will not let you boot your system.
default        2

Si deseas borrar las opciones antiguas o repetidas, como es el caso de Ubuntu Hardy Heron, ve a las líneas que están después de: ## ## End Default Options ##

Cada opción comienza en title y termina en quiet. Con anteponer a todo el menú # al principio de cada línea lo vuelves un comentario y si deseas activarlo nuevamente o te equivocaste borras todos los # del menú respectivo. Por ejemplo:

# title        Ubuntu 8.04, kernel 2.6.24-16-generic (recovery mode)
# root        (hd1,0)
# kernel        /boot/vmlinuz-2.6.24-16 ro single
# initrd        /boot/initrd.img-2.6.24-16-generic

Ahora si deseas cambiar el tiempo (en segundos) para que tome la opción por defecto, ve a las siguientes líneas:

## timeout sec
# Set a timeout, in SEC seconds, before automatically booting the default entry
# (normally the first entry defined).
timeout        10

Y el número 10, que es por defecto, lo modificas, por ejemplo 15 segundos:

timeout        15

También existe un paquete que puedes hacer esto y más opciones de manera gráfica, ve aquí.

Saludos